Alates 1. jaanuarist 2021 ühendati veeteede amet, lennuamet ja maanteeamet transpordiametiks. Pressiteates on öeldud, et transpordiametist saab transpordiliikide ülene kompetentsikeskus ning ohutu ja kiire liiklemiskeskkonna arendaja. Amet on võtnud eesmärgiks keskenduda liikuvuse parandamisele, et inimesed ja kaubad saaksid võimalikult sujuvalt liikuda ühe või mitme transpordiliigi ja teenuse abil ühest kohast teise.
Transpordivaldkonna ümberkorraldused on osa riigireformist, millega on eri valdkondades kavandatud üle 30 tegevuse. Transpordiametit juhib peadirektor Kaido Padar.